被稱為新世紀福爾摩斯的高中生偵探——工藤新一,在和女友去游樂園游玩時,發現兩個行動詭異的黑衣人。新一跟蹤他們直到交易現場,卻被另一個黑衣人暗算,并灌下一種神秘毒藥企圖殺他滅口,卻不想沒有毒死反而使他身體變小。他化名江戶川柯南,來到其青梅竹馬毛利蘭的家,希望利用小蘭父親毛利小五郎的偵探身份,尋找黑衣組織的線索。
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